Die Johanniskirche war ein Gotteshaus östlich der Leipziger Altstadt. Sie befand sich auf dem Johannisplatz (Adresse: Johannisplatz 26) und war dem Apostel Johannes geweiht.
Die Kirche St. Johannis wurde im 14. Jahrhundert an Stelle einer älteren Kapelle des Johannishospitals errichtet. Nach einer Teilzerstörung im Jahr 1547 und dem späteren völligen Abbruch wurde sie 1582-1584 neu erbaut.
Der Turm wurde 1746/1749 nach einem Entwurf des Architekten G. Werner (1682-1758) im Stil des Barock errichtet und erhielt 1779 durch den Kirchvorsteher E. H. Löhr (1725-1798) eine Schlaguhr. Im Jahr 1821 wurde der Turm vom Blitz getroffen.
Während der Völkerschlacht diente die Johanniskirche bis 1814 als Lazarett.
Im Jahr 1883 wurde vor der Johanniskirche das Reformationsdenkmal errichtet (inzwischen zerstört).
In den Jahren 1894 / 1897 wurde die Kirche abgebrochen (nur der
barocke Turm blieb erhalten) und nach Plänen des Architekten
H. Licht
(1841-1923) im neobarocken Stil neu errichtet. Beim Abbruch der
Südwand fand man 1894 die Gebeine des
Thomaskantors
J. S. Bach
(1685-1750). Am 28.03.
Im Jahr 1904 wurden die Gebeine J. S. Bachs und C. F. Gellerts (1715-1769) in Sarkophagen vor dem Altarraum beigesetzt.
Im zweiten Weltkrieg wurde die Johanniskirche stark beschädigt.
Die Ruine des Kirchenschiffs wurde bereits am 19.02.
Die Kirchgemeinde der Johanniskirche wurde mit der Gemeinde der Nikolaikirche verschmolzen.