Die Brauerei C[arl] W[ilhelm] Naumann wurde im Jahr 1828 gegründet, nachdem der Bierbrauer C. W. Naumann (1792–1876) den Brauer- und Mälzer-Eid vor dem Rat der Stadt ablegte.
Im Jahr 1832 kaufte Naumann das Grundstück »Kleine Funkenburg« (Ranstädter Steinweg 49) und ließ dort ein neues Brauhaus errichten, in dem er im Jahr 1835 erstmals Bier braute.
Im Jahr 1842 kaufte er das Böhmesche Gut in der Gemeinde Plagwitz und ließ dort einen »Felsenkeller« in das Erdreich graben. In dieser künstlichen Höhle lagerte er ab 1843 das in der »Kleinen Funkenburg« gebraute Bier bis zur endgültigen Reife.
Im Jahr 1844 eröffnete Naumann auf seinem Lagerkeller in Plagwitz eine Ausflugs-Restauration, die den Namen (alter) Felsenkeller erhielt.
Im Jahr 1857 kaufte Naumann vom Leipziger Rechtsanwalt Dr. Carl Heine (1819–1888) das heutige Grundstück Zschochersche Straße 79 und errichtete hier zunächst einen weiteren Lagerkeller, dann aber eine moderne Dampfbrauerei, in der ab 1864 produziert wurde.
Im Jahr 1877 kaufte die Brauerei C. W. Naumann das mit einem ehemaligen Kaffeehaus bebaute Grundstück Zills Tunnel in der Leipziger Altstadt und führte die Gaststätte noch zehn Jahre weiter. Im Jahr 1887 wurde das alte Gebäude abgebrochen und mit dem Bau des heutigen Hauses begonnen, das 1888 eröffnet wurde.
In der Zeit ab 1869 wurde die Brauerei in Plagwitz ständig erweitert und ausgebaut: im Jahr 1880 entstand ein neues Mälzerei-Gebäude, im Jahr 1884 wurde die erste Eismaschine gekauft, so dass die Lagerung im alten Felsenkeller überflüssig wurde, im Jahr 1885 erhielt die Brauerei mit dem Industriegleis P VII einen eigenen Gleis-Anschluss, und am 1. Oktober 1888 wurde das neue Kontor-Gebäude in Plagwitz eröffnet, in das die bisher in Leipzig sitzende Geschäftsleitung nun verlegt wurde.
Im Jahr 1887 war die Brauerei C. W. Naumann mit einer Jahresproduktion von 38 000 Hektoliter nach der Brauerei Riebeck & Co. (Mühlstraße in Reudnitz) und der Leipziger Vereinsbrauerei (Braustraße in der Südvorstadt) die drittgrößte Brauerei der Stadt Leipzig.
Im Jahr 1890 eröffnete die Brauerei C. W. Naumann südlich angrenzend an den alten Felsenkeller in Plagwitz ein neues Restaurationsgebäude und Ballhaus, den (neuen) Felsenkeller, dessen Säle 1 000 Plätze umfassten.
Am 6. Juni 1899 wurde die Fa. C. W. Naumann in eine Aktiengesellschaft umgewandelt.
Nachdem das Bier bisher ausschließlich in Fässern gelagert und ausgeliefert wurde, begann im Jahr 1901 die Abfüllung von Flaschenbier.
Im Jahr 1913 eröffnete die Brauerei C. W. Naumann gleich zwei große Gaststätten: in der Leipziger Altstadt den Spezialausschank (Bier-, Konzert- und Speisewirtschaft) »Naumann-Bräu« (im Dresdner Hof, 1 000 Plätze) und im Stadtteil Lindenau das Varieté »Drei Linden« (Dreilindenstraße 32, heute Musikalische Komödie, 3 000 Plätze).
Nach einer Schwächung der Firma durch den ersten Weltkrieg 1914 / 1918, der vor allem zu Schwierigkeiten bei der Rohstoffbeschaffung führte, erfuhr die Brauerei C. W. Naumann in den 1920er Jahren wieder einen deutlichen Zuwachs. So konnte sie im Jahr 1918 die Dampfbrauerei Zwenkau übernehmen, im Jahr 1921 auch den ursprünglich größeren Konkurrenten »Leipziger Vereinsbrauerei«. Im Jahr 1929 produzierten ca. 300 Beschäftigte einen Jahresabsatz von ca. 170 000 Hektoliter Bier. Das Unternehmen hatte ein Kapital von 2,25 Millionen Reichsmark und eine Fläche von 70.000 m², die zur Hälfte mit Produktionsanlagen bebaut war.
Die Weltwirtschaftskrise und der zweite Weltkrieg 1939 / 1945 führten zu einer erneuten Schwächung der Firma C. W. Naumann, die 1932 schon am Rande des Konkurses stand.
Nach dem Volksentscheid des Freistaates Sachsen über die Enteignung beschlagnahmter Betriebe vom 30. Juni 1946 wurde die Fa. C. W. Naumann als VEB »Westquell« in Volkseigentum überführt (seit 1959 zum VEB Sachsenbräu, seit 1968 VEB Getränkekombinat Leipzig).
Nach der Brauerei C. W. Naumann wurde in der Gemeinde Plagwitz eine Straße benannt (»Braustraße«, seit 1903 Naumburger Straße).